MEF Ortaokulu; MEF Okullarının vizyon ve misyonu çerçevesinde, öğrencilere yalnızca bilgi vermeyi değil; öğrencilerin edindiği bilgileri kavrayıp anlamasını, kullanmasını, analiz ve sentez yapmasını, irdeleyip değerlendirmesini sağlayan “tam öğrenme” ve “yaparak, yaşayarak öğrenme” yöntemlerine göre eğitim öğretim yapmayı, farklılaştırılmış eğitimin bir yansıması olarak bireysel gereksinimlerini dikkate alarak, öğrencilere “öğrenmeyi öğreten” öğrenci merkezli bir sistem uygulamayı ilke edinmiştir.